Cuando a fines del siglo XIX la Argentina contaba un una buena cantidad de buques mercantes que enarbolaban su bandera, se hizo evidente la necesidad de reabrir la Escuela de Náutica que Manuel Belgrano había concebido e impulsado.

En 1895 el presidente José Evaristo Uriburu promulgó la reapertura con el nombre de Escuela Nacional de Pilotos. Al año siguiente, Julio Argentino Roca, por entonces senador a cargo del Poder Ejecutivo, sancionó su reglamento y designó como director al Teniente de Navío Pedro Mohorade. Sus aulas se instalaron en el barrio de La Boca y en ese primer año asistieron diez alumnos.

En 1900, Roca, ya Presidente de la Nación, creó el Ministerio de Marina y puso la Escuela dentro de su órbita sacándola del entonces Ministerio de Instrucción Pública. Dice el decreto con su firma: “... las escuelas navales en general deben estar a cargo de  la Marina, al que corresponde entender en todo lo relacionado con el desarrollo de la marina nacional, tanto de guerra como mercante...â€�

El 1916, el presidente Hipólito Yrigoyen, con los fundamentos que le aportaba el Almirante Segundo Storni, sancionó un decreto por el que “incorpora a la Reserva Naval con el grado de Guardiamarina, a todos los Oficiales de la Marina Mercante egresados de la Escuela Nacional de Pilotos�.

A medida que los barcos de vela iban siendo reemplazados vertiginosamente por los de propulsión de máquinas (los por entonces llamados “vapores�) se abrió la carrera de Maquinista Naval y la escuela cambió su nombre a “Escuela Nacional de Pilotos y Maquinistas�. Su nombre actual fue dispuesto por la Armada en 1950.

El notable edificio donde funciona, en el barrio de Retiro, se inauguró en 1946. A la ceremonia asistieron el presidente de facto Edelmiro Farrell y el presidente electo Juan Domingo Perón, ambos hicieron uso de la palabra.

En aquel entonces el barrio era bien distinto al que hoy vemos, estaba rodeado de muelles en los que operaban buques mercantes nacionales y extranjeros; sus calles de adoquines desparejos eran oscuras y había una gran cantidad de terrenos baldíos. En no pocas películas de la época se ven los buques amarrados y las vías para las grúas portuarias enclavadas sobre los empedrados de las calles de la ribera. Un dato de color al respecto: cuando el edificio se restauró para su reinauguración en 2008, hubo un retraso importante cuando, casi al final de la obra, se advirtió con sorpresa que no estaba conectado a las cloacas porque había sido construido antes de que las hubiera en esa zona.